Envolvidas por um cenário natural de extrema beleza, as ruínas do convento se destacam majestosas no sítio, onde existiu no século XVIII a antiga Vila de Santo Antônio de Sá. Apresenta o mesmo partido arquitetônico do convento de Santo Antônio, na Cidade do Rio de Janeiro – casa conventual, torre sineira, igreja e capela da Irmandade – ambos da ordem franciscana.
Em 1974 iniciou-se a construção da igreja da Ordem Terceira. De 1829 a 1840, uma epidemia dizimou a população da Vila e causou o abandono do Convento pelos franciscanos. Em 1922 as ruínas passaram aos beneditinos e, posteriormente, as terras foram vendidas a diversos proprietários.
As ruínas do Convento São Boaventura, tombadas pelo Iphan, não devem deixar de ser visitadas.O Convento, que começou a ser construído em 1660, é cronologicamente a quinta construção conventual da Ordem Franciscana no Brasil.
A Igreja de Nossa Senhora da Conceição, também chamada de Igreja de Porto das Caixas – distrito onde se encontra – data de 1595 é um pólo de turismo religioso, pois lá está a imagem de Cristo que, segundo os fiéis, verteu sangue. Hoje o patrimônio está localizado dentro do Complexo da Comperj, Fazenda Macacú, e é necessária autorização para se realizar visitações.
